Một doanh nghiệp chế xuất kêu cứu, 'dài cổ' xin hoàn thuế

Dù được cấp giấy chứng nhận đầu tư là doanh nghiệp chế xuất, hưởng các ưu đãi phi thuế quan. Thế nhưng, doanh nghiệp vẫn bị thu khoản thuế mà theo họ đáng nhẽ phải được miễn lên tới gần 20 tỷ đồng. Tranh cãi chưa đến hồi kết, doanh nghiệp đang gửi đơn tới Bộ Tài chính. Còn bộ, cũng lúng túng xin ý kiến Chính phủ về vướng mắc .

Doanh nghiệp “dài cổ” xin hoàn thuế

Liên tiếp từ cuối tháng 11, đầu tháng 12 vừa qua, Cty TNHH SEI Optifrontier Việt Nam (KCN Thăng Long - Vĩnh Phúc, huyện Bình Xuyên, tỉnh Vĩnh Phúc) nhiều lần gửi công văn cầu cứu tới Bộ Tài chính, Tổng cục Hải quan về việc hoàn thuế cho doanh nghiệp chế xuất (DNCX).

Theo nội dung đơn do đích thân ông Tổng giám đốc Koji Kashihara ký, Cty TNHH SEI Optifrontier Việt Nam là DN có vốn đầu tư nước ngoài (Nhật Bản), thành lập theo Giấy chứng nhận Đăng ký đầu tư do Ban quản lý các Khu công nghiệp tỉnh Vĩnh Phúc cấp ngày 28/12/2018, Giấy chứng nhận đăng ký DN do Sở Kế hoạch và Đầu tư Vĩnh Phúc cấp ngày 4/1/2019, thay đổi lần thứ nhất ngày 8/4/2019.

SEI cho hay, theo giấy chứng nhận đầu tư và các quy định tại Nghị định 82 của Chính phủ; Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 107/2016/QH13; Nghị định 68/2016, DN này đã đăng ký là DNCX, được coi là “Tổ chức kinh tế thực hiện dự án đầu tư” và được áp dụng quy định của DNCX như không phải nộp thuế giá trị gia tăng (GTGT), thuế nhập khẩu (NK) ở khâu NK, cũng như không phát sinh thuế GTGT từ các nhà thầu trong nước. Về nguyên tắc, SEI cho rằng họ phải được áp dụng là DNCX kể từ thời điểm được cấp Giấy chứng nhận đầu tư.

Tuy nhiên, trong giai đoạn đầu tư xây dựng, Chi cục Hải quan tỉnh Vĩnh Phúc (thuộc Cục Hải quan TP. Hà Nội) lại xác định DN này chưa đáp ứng đầy đủ các điều kiện của DNCX, nên chưa được miễn thuế. Mãi đến ngày 23/3/2020, Chi cục Hải quan tỉnh Vĩnh Phúc mới xác nhận DN này đáp ứng điều kiện để được hưởng chế độ là DNCX theo biên bản ký cùng ngày.

Theo SEI, kể từ khi được cấp Giấy chứng nhận đầu tư cho đến khi được Hải quan xác nhận là DNCX, công ty vẫn phải thực hiện nghĩa vụ nộp thuế tại khâu NK theo yêu cầu của phía Hải quan Vĩnh Phúc.

“Để hoạt động kinh doanh không bị gián đoạn, chúng tôi đã chấp hành nghiêm chỉnh việc nộp thuế tại khâu NK. Số thuế đã nộp cho các lô hàng tính đến 6/5/2020 là 19,7 tỷ đồng, trong đó thuế NK là 5 tỷ đồng, thuế GTGT 14,7 tỷ đồng”, Tổng giám đốc Koji Kashihara cho hay.

Lãnh đạo công ty này cho rằng, việc phải nộp thuế như một DN thông thường đã gây tổn hại đến hoạt động kinh doanh của DN. Đồng thời khiến khối các DN Nhật Bản cũng như các nhà đầu tư nước ngoài khác mất lòng tin vào môi trường đầu tư tại Việt Nam. Công ty này cũng viện dẫn Luật Đầu tư qua các lần thay đổi, mới nhất là năm 2020 đều quy định rất rõ về vấn đề bảo hộ đầu tư.

Do đó, SEI đề nghị lãnh đạo Bộ Tài chính, Tổng cục Hải quan xem xét một cách thấu đáo để xử lý hoàn thuế GTGT, thuế NK mà công ty đã nộp ở khâu NK, cũng như số thuế GTGT phát sinh từ các nhà thầu trong nước như đã trình bày ở trên theo quy định pháp luật về thuế và hải quan.

Sớm tháo gỡ vướng mắc cho DN

Theo nguồn tin của Tiền Phong, cuối tháng 11 vừa qua, Bộ Tài chính đã có văn bản 14152 báo cáo Thủ tướng về các vướng mắc trong quản lý hoạt động của DNCX.

“Từ cuối năm 2019 đến đầu 2020, đại dịch COVID-19 lây lan nhanh tại các quốc gia và cũng tạo ra một làn sóng dịch chuyển vốn đầu tư của các nhà đầu tư, tập đoàn lớn...Thông qua Đại sứ quán Nhật Bản tại Việt Nam, Hiệp hội các DN Nhật Bản tại Việt Nam, các nhà đầu tư cũng kiến nghị Bộ Tài chính, Bộ Kế hoạch và Đầu tư xem xét giải quyết khó khăn cho nhà đầu tư trong thủ tục thành lập DNCX. Các địa phương đang đẩy mạnh thu hút đầu tư nước ngoài để phát triển kinh tế như Vĩnh Phúc thì UBND tỉnh này, đại biểu Quốc hội tỉnh này cũng kiến nghị vấn đề này với Bộ Tài chính”, công văn do Thứ trưởng Vũ Thị Mai gửi Thủ tướng nêu rõ.

Theo Bộ Tài chính, hiện nay, việc thành lập DNCX được quy định tại Nghị định 82/2018 của Chính phủ. Theo đó, cơ quan đăng ký đầu tư phải lấy ý kiến cơ quan Hải quan có thẩm quyền về khả năng đáp ứng điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan trước khi cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc xác nhận bằng văn bản cho nhà đầu tư. Tuy nhiên, nội dung này đang gặp vướng mắc do qua rà soát các quy định pháp luật có liên thì chưa có quy định về điều kiện kiểm tra, giám sát của hải quan đối với DNCX.

Do đó, Bộ Tài chính đã báo cáo, kiến nghị tháo gỡ vướng mắc gửi Thủ tướng, Bộ Kế hoạch và Đầu tư. Thủ tướng cũng đã có văn bản giao các 2 bộ này sửa đổi, bổ sung các quy định có liên quan.

Theo nguồn tin của Tiền Phong, Tổng cục Hải quan đã yêu cầu thanh tra hoạt động thu thuế của các DNCX trên địa bàn cả nước, trong đó có Vĩnh Phúc.